Il complesso ofiolitico che predomina la zona di Monterufoli è la formazione più grande della Toscana che in alternanza con le rocce sedimentarie, forma nel suo insieme un settore circolare con diametro di circa 12 km.
La messa in posto di tale complesso viene stimata dal Giurese Superiore al Miocene da un punto di vista geodinamico, parallelamente alla progressiva apertura, con movimenti prevalentemente trascorrenti, della Tetide Occidentale fra l’Africa e l’Europa.
Tali movimenti orogenetici hanno portato a un magmatismo effusivo, dando origine a una zona di tipo boracifero presente nell’Alta val di Cecina.
L’azione delle acque idrotermali sulle rocce metamorfiche (serpentiniti), hanno dato luogo alla formazione del Calcedonio, una varietà di SiO2, quando si presenta in masse fibrose micro cristalline, mescolate con porzioni di silice idrata amorfa, o quarzo granulare microcristallino. Il Calcedonio riveste cavità o fratture aperte, depositato da soluzioni acquose sature di silice, sia in strati o incrostazioni, o sotto forma di masse concrezionate o stalattitiche.
Il suo nome deriva dal greco “Chalkedònios”, da Chalkédon, antica città della Bitinia, vicino Istanbul e fin dal III° millennio a.C., erano già conosciute in Egitto e in Asia Minore, le tecniche di incisione di questo minerale. Anche i Greci e i Romani lo utilizzavano per abbellire pareti e pavimentazioni delle ville patrizie e per la creazione di oggetti preziosi.

Il Calcedonio di Monterufoli, veniva già estratto in epoche antiche, ma questa pietra conobbe la sua fama alla fine del XVI° secolo, quando il granduca Ferdinando I° e la potente famiglia dei Medici, nell’ambito dello sviluppo del manierismo e di una politica artistica della Toscana, lanciarono l’iniziativa riguardante la lavorazione delle pietre dure, per la realizzazione dei più svariati oggetti preziosi, cammei, gioielli e soprattutto intarsi di elementi architettonici. Il complesso di Monterufoli diventò il maggior fornitore di Calcedonio che venisse lavorato dall’Opificio delle Pietre Dure, fondato a Livorno nel 1540 e successivamente trasferito a Firenze nel 1588, dove tuttora sono conservati interessanti campioni provenienti dalle varie località di estrazione che si trovavano nelle vicinanze dei Poderi Monterufolino, Sorbi, Gabbra e Poggio di Castiglione.
Le varietà di Calcedonio estratte in questa zona, si presentavano in una svariata gamma di forme: botroidali, mammellonari, coralloidi, stalattitiche e in geodi di struttura microcristallina, con colorazioni tenui, lattiginose, o più brillanti, distribuite in chiazze omogenee o in gradazioni di diversa intensità. Con trasparenze molto ricercate, dal bianco, al grigio, al verdastro e alle varie tonalità di violaceo e di azzurro come il famoso “fiore di lino”, apprezzato per il suo colore e la particolare lucentezza opalina.
Oggi, nella Riserva Naturale di Monterufoli, a testimonianza delle antiche e preziose cave, si possono rinvenire tra la vegetazione numerose discariche di questo minerale.
Antiche leggende e credenze popolari, attribuivano al Calcedonio, poteri magici contro la paura e i malefici e veniva indossato o tenuto sotto il cuscino come porta fortuna.
Nel periodo rinascimentale, veniva incisa su un amuleto di calcedonio, una figura di uomo con la mano destra alzata e veniva portato addosso per ottenere successo nelle cause legali, come pure per avere salute e sicurezza.